Evangelický kostel apoštola Pavla v Jihlavě (Pauluskirche) dostal původně jméno podle německého luterského reformátora: německý kazatel Pavel Speratus patřil mezi vůbec první luterské kazatele u nás, v Jihlavě působil pouhé dva roky (1522-23) a Jihlava se tehdy stala na sto let téměř protestantanským městem.
V pobělohorské době stály protestantské církve v Čechách a na Moravě mimo zákon. Od roku 1781 byly tolerovány a určitých dalších práv se jim dostalo po tzv. Císařském patentu z roku 1861: např. zatímco dosud směly za určitých podmínek stavět motlitebny (bez věží a mimo střed obce), po tomto dekretu mohly stavět kostely i s věží. V roce 1875 získal jihlavský evangelický sbor augsburského vyznání povolení k výstavbě kostela, z téhož roku jsou i plány novogotického slohu architekta Aloise Netsche a 15. srpna 1875 byl položen základní kámen (město poskytlo pozemek na tehdejším Anenském předměstí). Kostel byl slavnostně vysvěcen 18. října 1878. Stavba přišla na 26.000 tehdejších zlatých; značnou část poskytla evangelická korporace Gustava Adolfa a některé sesterské evangelické obce. Kostel měl původně dva zvony: jeden z nich byl zabaven v roce 1916, druhý slouží dodnes.
Kostel byl opravován v roce 1894, roku 1903 dostal plynové osvětlení, v roce 1913 byl upraven do dnešní podoby. Další opravy přišly v roce 1928 (údržba), na konci padesátých let (fasáda i interiér), 1975 odvlhčení zdí a interiér), 1995 (nová fasáda), 1999 (nové věžní hodiny řízené signálem středoevropského času).
Od roku 1929 existuje v Jihlavě Farní sbor Českobratrské církve evangelické (jež vznikla roku 1918 spojením luterských a reformovaných evangelíků v Čechách i na Moravě). Od konce 20. let užívali kostel svatého Pavla evangelíci německého i českého jazyka, od roku 1946 (po odsunu Němců) již jen Češi. Dnes je kostel majetkem Farního sboru Českobratrské církve evangelické v Jihlavě.